如何确定一个基因的表达水平与患者预后之间的关系?
(一). 有几个技术小白online数据库(二手库)
(1). GEPIA 使用时输入基因名称,点击搜索后点击survival-survival plots。然后根据需要设置相关参数,选择研究肿瘤种类后点击plot。需要注意的是Cutoff-High(%)和Cutoff-Low(%)指的是基因表达水平对比界值,例如可以选择50%和50%,也可以选择40%和40%,甚至30%和30%(即表达水平最高的30%和最低的30%对比);如此虽然可能P值变有意义,但样本量肯定是越来越少了。
(2). Kaplan-Mier Plotter使用时注意RNA-seq里面的Pan-cancer包含多种其他肿瘤。
(3). OncoLnc 使用比较简洁。
(4). UALCAN可以同时查询多个基因。
这些数据库使用基本上是傻瓜式的,方便简洁。使用时注意下参数设置就可以。对于某个基因而言,不同数据库可能结果并不相同,除了数据来源不同之外,也有可能是数据库本身一些代码设置等所致。当然,一个基因在不同数据库中都得到显著结果综合考虑肯定是更加可信。
(二).需要一定的生物信息学分析基础, 原始数据库(一手库)。
(1). TCGA数据库